Школа основана в 1870 году. Баягантайское начальное училище в течение 22 лет было единственным учебным заведением в улусе. Первым учителем был И.Г. Неустроев, родной брат первого профессионального революционера К.Г. Неустроева-Урсика. С 1898 года Баягантайскому начальному училищу присвоено имя тайного советника И.И. Маслова. В 1915 году школа стала четвертым 2-хклассным училищем в Якутии. С 1920 года школа стала Баягинской Единой трудовой школой I ступени. С 1938г.- Баягинская 7-летняя школа. В 1941-42г. открыт интернат на 50 мест. В 1967-68 г. школа стала средней.
В 1972г. введен в эксплуатацию основной корпус школы на 320 мест. Имеет центральное отопление, спортивный зал, школьный музей, буфет, теплый туалет, кабинеты по всем предметам, медицинский кабинет, кабинет психологов, библиотеку. Техническое состояние школы удовлетворительное. На территории школы находятся учебная мастерская, здание трактороведения, национальная юрта, спортивный зал, 2-хэтажное общежитие для учителей, гараж. С 2000 года школа имеет подсобное хозяйство.
В 1995 году был введен в эксплуатацию здание начальной школы на 75 мест.
С 1965 по 1981г. директором школы работал заслуженный учитель ЯАССР, Отличник просвещения РСФСР, делегат Всероссийского съезда учителей Иннокентий Михайлович Хатылаев, чье имя носит школа с 1995г. На базе школы проводятся республиканские, региональные, улусные семинары работников образования. Опыт работы пионерской организации был распространен в республике и России. В 1980-81гг. открылась детская музыкальная школа. Танцевальный ансамбль ”Ньургуьун” известен и за пределами улуса.
В 1992г. школе за педагогическое мастерство, творческий поиск, успешность обучения и воспитания присвоено звание «Школа года-92» Республики Саха (Якутия). С 1992 г. по 1995 г школа является экспериментальной площадкой по апробации программы «Эркээйи» Министерства просвещения РС. В 1998 году школа стала лауреатом Всероссийского конкурса «Школа года-98». К 130-летнему юбилею педколлектив стал обладателем Гранта министерства образования РС (Я) за 2000 год. В 2004г. школа защитила проект на конкурсе республиканских экспериментальных площадок по теме «Формирование личности ребенка с использованием творческого потенциала социума через уьуйуу, основанное на философских взглядах народа саха».
2004г. – школа обладатель Гранта Министерства просвещения РС(Я) на республиканской инновационно-образовательной ярмарке «Сельская школа».
Школьный музей – победитель республиканского смотра конкурса школьных музеев. Звание «Отличный школьный музей» - 2004г.
2006г. – школа обладатель Гранта Президента РС(Я) В.А. Штырова диля образовательных учреждений, реализующих инновационные образовательные проекты и программы на конкурсе республиканских экспериментальных площадок в с. Октемцы Хангаласского улуса.
Опыт работы школы распространяется через публикации в различных изданиях, на улусном, региональном и республиканском, всероссийском уровне